1)使電力系統(tǒng)短路電流增加。由于自耦變壓器的高、中壓繞組之間有電的聯(lián)系，其短路阻抗只有同容量普通雙繞組變壓器的(1-k/1)平方倍，因此在電力系統(tǒng)中采用自耦變壓器后，將使三相短路電流顯著增加。又由于自耦變壓器中性點直接接地，所以將使系統(tǒng)的單相短路電流大為增加，有時甚至超過三相短路電流。

2)造成調(diào)壓上的一些困難。主要也是因其高、中壓繞組有電的聯(lián)系引起的目前自耦變壓器可能的調(diào)壓方式有三種，一是在自耦變壓器繞組內(nèi)部裝設(shè)帶負荷改變分頭位置的調(diào)壓裝置;二是在高壓與中壓線路上裝設(shè)附加變壓器。而這三種方法不僅是制造上存在困難，不經(jīng)濟，且在運行中也有缺點(如影響第三繞組的電壓)，解決得都不夠理想。

3)使繞組的過電壓保護復(fù)雜。由于高、中壓繞組的自耦聯(lián)系，當(dāng)任一側(cè)落入一個波幅與該繞組絕緣水平相適應(yīng)的雷電沖擊波時，另一側(cè)出現(xiàn)的過電壓沖擊的波幅則可能超出該絕緣水平。為了避免這種現(xiàn)象的發(fā)生，在高、中壓兩側(cè)出線端都裝一組閥型避雷器。

4)使繼電保護復(fù)雜。

盡管自耦變壓器存在著一定的缺點，但各國還是非常重視自耦變壓器的應(yīng)用，主要是與電力系統(tǒng)向大容量高電壓的發(fā)展是分不開的，隨著容量增大，電壓升高，自耦變壓器的優(yōu)點就更為突出。